A Escola Municipal “Arco-Íris” foi criada pela Lei Municipal nº430 de 07/12/1998, que instituiu os cursos de Educação Infantil e Ensino Fundamental no Município de Lagoinha. Em dezembro de 2001, a Lei Municipal nº 485 de 17/12/2001 em seu artigo 1º desmembra a Escola Municipal de Educação Infantil e Ensino Fundamental em duas Unidades de Ensino com as seguintes denominações:

a) a Escola Municipal de Educação Infantil Arco-Íris – EMEI "Arco-Íris"

b) Escola Municipal de Ensino Fundamental – EMEF "Profº Alceu Coelho".

Originalmente a Educação Infantil no município funcionava em prédios alugados, emprestados ou adaptados para acomodar o ensino dos pequenos, chegou a funcionar nas dependências da atual casa paroquial, em salas cedidas pala EE "Padre Chico", e no início dos anos 2000 tomou de empréstimo as instalações do ensino fundamental onde permaneceu até 2011, ocasião onde dividia seu espaço com atividade do Projeto Guri (Aulas de música destinada a crianças e adolescentes, patrocinadas pelo Governo do Estado de São Paulo), cursos em parceria com o SENAI e (Serviço Nacional de Aprendizagem Industrial) iniciativas socioeducativas, como cursos de confeitaria ou beleza.

Em meados do ano de 2009 é firmado convênio com a Fundação Lúcia e Pelerson Penido (FLUPP) que planeja entre suas ações a construção de um novo prédio para a Educação Infantil.

Em setembro de 2012 foi entregue ao Município de Lagoinha o atual prédio da Educação Infantil, construído por essa parceria.

Com a criação da Lei nº 801 de 18 de junho de 2013 que dispõe sobre denominação e endereço dos estabelecimentos de ensino público do Município de Lagoinha, a Unidade Escolar passou a concentrar somente o ensino infantil e a denominar-se EMEI “Arco-Íris”.

Para se adequar a redação da Lei nº 801 de 18 de junho de 2013, foi solicitado ao Dirigente Regional de Ensino o encerramento do Curso de Ensino Fundamental 1º ao 5º ano na atual EMEI “Arco-Íris” conforme redação da Portaria DRE – 56 de 10/09/2013 e criada a Creche Municipal “Joana Cândida de Oliveira Ferreira” pelo Decreto Municipal nº41, de 01 de julho de 2014.

A atual EMEI “Arco-Íris” tem grande importância para a comunidade Lagoinhense pois, atende todas as crianças de 03 a 05 anos da Zona Rural e Zona Urbana do Município, em suas duas modalidades de ensino: creche e pré-escola, sendo na cidade a única a prestar esse serviço.